機械化手術の権威・照明院博士は、秘密結社イーヴルの手によって娘の二葉を殺害され、機械戦士への手術を強要される。娘を蘇生させたい一心で機械戦士マシンジャーへの手術を行った照明院博士は、元助手であった光石博士の研究所へ逃げるよう彼女のプログラムをセットした。そして月日が経ち、何度となくイーヴルと戦い続けてきたマシンジャーは突然襲い掛かってきた黒い機械戦士・デストラーと戦う。しかし、デストラーの頭部には照明院博士の脳が搭載されており、マシンジャーは手が出せない。デストラーショットで体を打ち抜かれたマシンジャーは、デストラーの実験台として、イーヴルのアジトへ連れ込まれる。高圧電流を伴うデストラーのパンチを何度も浴び、内蔵の機械部分が露見しだすマシンジャー、そこをドリルでえぐられ、マシンジャーは地獄の苦しみにもだえ苦しんでいく。その中で、イーヴルの首領・ミゲルはマシンジャーに機械化手術の技術を持つ協力者がいることに感づき、その居場所をはかせるためにマシンジャーにコンピューターウィルスを送り込み、苦しめる。彼女の体はウィルスによって誤作動を起こし、不完全な赤い部分だけ人間体となってしまうのであった。戦闘員の陥落にも股間へのウィルス送信にも耐えたマシンジャーだったが、ウィルスを送り込まれた際に偶然にもプログラムが光石研究所と接続してしまい、光石博士は彼女を助けるためにイーヴルのアジトへ乗り込んできてしまったのだ…。果たしてマシンジャーの運命は…？